Réformée dans le cadre des réformes dans le secteur éducatif, le nouveau CNE a pour mission de “veiller d’une part au respect des grandes options éducatives de l’État, et d’autre part à la coordination de tout le système éducatif en République du Bénin”. Son décret a été pris le 21 août 2018.

Le chef de l'Etat qui avait fait de la réforme du CNE un point important de son programme, a précisé les tâches qui relèvent désormais de cette structure : toutes les décisions liées aux programmes du déploiement du personnel enseignant, de la classe scolaire ou universitaire, des affectations budgétaires, des accréditations ou des contrôles des établissements publics et privés doivent requérir l’aval des membres du CNE.

“Il vous reviendra avec les ministères en charge de l’éducation, de prouver à nos enfants, les enfants du Bénin, qui veulent que notre école soit au diapason de leurs rêves, à la hauteur des exigences et défis de leur temps, que l’éducation est vraiment le seul moyen de construire l’Homme, matière première de toutes les épopées” a plaidé Patrice Talon.

Le président du CNE, le professeur titulaire de droit, Noël Gbaguidi, prend la mesure de la responsabilité confiée à l’organe qu’il dirige. Le Conseil, dit-il, “jouera sa partition pour le nouveau départ dans l’éducation avec des performances au-delà des attentes.”

Le CNE est placé sous la présidence de la République. Il compte 29 membres : il s'agit de 4 personnes désignées par le chef de l'Etat, 6 personnes désignées par les ministres, les 13 membres retenus par appel à candidature et 6 élus par leurs pairs professionnels de l’éducation.